「由此愿心，那药师琉璃光如来便入三摩地定，要为众生设施方便之门而说神咒。那药师琉璃光如来所入的定又叫『除灭一切众生苦恼定』。药师佛入定后，从其头顶的肉髻发出大光明。在那四射的光芒笼罩中，药师佛开始演说大陀罗尼：「拿摩拔嘎娃地，白沙佳咕噜，外度利亚，钵拉婆拉佳亚，打他嘎打雅，阿啰哈地，三藐三不打雅。达迪雅他：唵，白沙界、白沙界、白沙佳，三莫嘎地，梭哈」
「那药师琉璃光如来当时在光明之中宣说这大陀罗尼毕，大地发生了六种巨大的震动，天地间大放光明，一切众生所有痛苦疾病立时消除，人人都洋溢着健康、安稳和快乐。」
「文殊师利啊!如果看见男子女人中有为疾病所折磨的，就应当一心一意地为他们念咒除病。为此就要经常地洗澡漱口，保持身口的清净无染，将病人所用的食物、药品或者没有小虫的干净饮水念咒一百零八遍，然后才给病人服用，一切病患就会霍然尽除。如果还有其他的要求，只要能够作到至心念诵大陀罗尼，就会得到那药师琉璃光如来的神力加被，如其所愿而得到无病无灾、延年益寿;哪怕命终之后，也能得以往生东方琉璃清净世界，决不会退转到三恶道中去，直到最后终究能够证得大菩提的觉悟。正因为这样的缘故，文殊师利啊!如果有那善男子善女人，对于那药师琉璃光如来，能够一心一意殷勤尊重，恭恭敬敬虔诚地供养药师佛，就应该时时地受持念诵此大陀罗尼，万万不可将此咒废忘啊!」
「再者，文殊师利!如果那些怀有清净坚贞信心的善男子善女人，对于那药师琉璃光如来的一切名号，如像应供、正等觉等等，能够经常恭敬地念诵奉持，清晨用嚼齿木清洁口牙(古印度人用像杨柳枝嚼后除口臭，再以之刷牙)，再洗漱沐浴，使身体齿口都洁净清爽，尔后又用各种各样有香味的鲜花，把上等的佛香燃烧起来，再涂满各种奇香供奉药师琉璃光如来，并演奏伎乐来歌颂赞叹药师佛的形象;不仅如此，他们还能对于那『药师琉璃光如来功德本愿经』加以供养受持，或自己抄写，或请人抄写，一心信奉受持，听闻其中的深奥大义，实践其中的殷殷教诲;不仅如此，他们又能对那弘扬药师如来法门的经师广设供养，向他们施舍一切所需的生活资具，绝不让这些法师们感受些微的匮乏和窘迫。如能做到这些，就可以经常得到诸佛如来的护念摄持，所求的一切愿望都能得到满足，乃至最终得以证得大菩提。」
这时，文殊师利童子便对佛陀说：「世尊!我非常感动地在此立下誓愿。我将在未来时节，在那像法时代，尽我之力行种种方便，帮助一切有清净信心的善男子善女人等，能够听到那世尊药师琉璃光如来的名号，哪怕他们身处睡梦之中，也能让他们因为耳闻佛的名号而觉悟。世尊!一切众生之中，如果能够对此经信奉受持诵读，或者再能给他人演说讲解此部经文;或者能够自己抄写经典，或者能够请他人代为抄此经，以种种花香、涂香、末香、烧香、花鬘、璎珞、幡盖、伎乐等供养此经;以五色彩帛作袋子贮放此经;洒扫地方，安设高座，以净处供养此经。这种时候，四大天王及其眷属，还有无量无尽的百千诸天之众，都会来到此人的清净法坛，对修此药师琉璃光如来法门的人加以供养、摄持、护卫。」
「世尊啊!若依我的誓愿，凡此宝经流行的地方，只要有人能够信奉受持那药师琉璃光如来的法门，那么凭着那药师琉璃光如来的本愿功德之力，凭着那听闻药师琉璃光如来名号所得的忆念功德，则此处便不再会有非分的横死灾难，一切诸恶鬼神也不再能得逞其害，夺人的精气色力;就算真有被夺去精气色力的，也能够使之恢复精力，并使身心享受安乐而一无所虞。」
佛陀于是告诉文殊师利说：「正是如此，正是如此!如你所说的一样。文殊师利啊!如果有怀清净信心的善男子善女人等，打算供养那药师琉璃光如来，他们应该首先树立那佛的形像，再敷设清净高座安放佛像;散放种种鲜花，熏烧种种香料，又以种种幡幢装饰供养其处;此外，在行供养之前，应该实行七天七夜的八关斋戒，吃清净的饮食，并用香汤沐浴，穿清洁衣物，更为重要的是保持内心的宁静，绝没有污浊垢染，也没有愤怒与嗔害，对于一切有情众生满怀善意，一心要使其得利益，使其得安乐;满腔是慈、悲、喜、舍的四种无量平等心。在这样的情形下面，才来作弦歌鼓乐，恭敬赞叹，右绕佛像，虔心礼敬。此外，还应忆念那药师琉璃光如来的本愿功德，怀着这种意念去诵读那『药师琉璃光如来本愿功德经』，仔细思索它的意义，再向别人演说开示。」
「对于这样的善男子善女人，无论他们有什么样的祈求，都能如愿以偿;欲求长寿者便得长寿;欲求财富者便得财富;欲求官位者便得官位;欲求儿女便得儿女。」
「如果有什么人偶然做了恶梦，有种种恶相现前，或见猫头鹰、乌鸦之类的怪鸟来集家中;或于住处有异声怪相，以至有鬼魅等出现，如遇这些情况，此人只需置办好各种美好的物品，恭敬地供养那药师琉璃光如来，则一切恶梦恶相以及种种不祥之兆，都会消失隐没，不能再为患作怪。」
「如果面对水火刀毒，身临悬崖绝壁、危墙险桥，或受恶象、狮子、虎狼、熊豹、毒蛇、恶蝎、蜈蚣、蚰蜒、蚊虻等令人恐怖畏惧的毒物威胁时，只要能够全心全意地忆念彼药师如来，至诚恭敬地供养他，便可以摆脱一切危险与恐怖。如果别的国家来侵略骚扰，国内盗贼反叛起乱，只要一心忆念彼药师如来，恭敬地供养他，那么一切盗贼侵略都可以得到解脱。」
「再者，文殊师利啊!如果有些清净信心的善男子善女人们，直到寿命终结，一生都没有信奉过其他各种各样的天，以及湿婆神等天魔外道，一心一意地皈依佛法僧三宝，接受并持守佛为弟子们制定的五戒、十戒、菩萨四百戒、比丘二百五十戒、比丘尼五百戒等。在所受持中，假如有所毁犯，自然会害怕堕入三种恶道的报应。」
「或者有的女子，临到生产小孩时，受极大的痛苦折磨。此时她如果能够至心称名念佛，礼赞那药师琉璃光如来，恭敬供养那药师琉璃光如来，便可以消除一切痛苦。不仅如此，她所生的小孩，也就四肢五官具足，相貌端正，人人见了都会喜欢。这样的孩子，聪明智慧，健康少病，安安稳稳，一切非人的鬼魅之类均不能够夺去他的精气色力。」
这时候，世尊告诉阿难说：「像我这样称赞颂扬那世尊药师琉璃光如来的所有功德，这是十方诸佛最奥妙、甚深的行愿之处，在众生看来是非常难以理解的，你对此是否怀着信心呢?」
阿难回禀佛陀说：「大德世尊啊!对于如来所说的契合世间、出世间一切真实的经典，我是不会有任何疑惑的。为什么呢?因为凡是如来动身发语，起心生念，无不具有清净本质。世尊啊!天上的太阳和月亮可以堕落，巍巍的须弥山可以倾斜倒塌，但只要是诸佛如来所说的话，就是永远真实不需的，不会变异的。」
「世尊!有这样一些众生，他们的信心根基并不具备，一旦听闻十方诸佛的极其深奥的愿行，就会这样去想：为什么说只要忆念那药师琉璃光如来的名号，就可以获得如此之多的微妙功德及殊胜利益呢?就由于这种不信，心生疑惑，他们反而会生出毁谤，从而在生死的漫漫长夜，失却了极大利益，堕入到了各种恶趣之道，于无穷无尽的苦海中，流转不已，永无出期。」
佛陀于是告诉阿难说：「像这样的有情众生，如果能够听闻那世尊药师琉璃光如来的名号，而且专心一念地虔诚信受奉持，就不会在内心产生什么疑惑，要说他们也会堕入到恶趣里去转生，是绝不可能的事!」
「阿难啊!这就是我说的诸佛的大悲大智所行达的境界，其深刻与奥妙是一般众生难以真正信受、明确了解的。你今天之所以能够信受奉持，应当知道那完全是因为承受了药师琉璃光如来的大神威力!阿难!我今天所说的这些，除了那些下一世就可以成佛的菩萨，其余所有的一切声闻、独觉以及尚未达到初地阶段的菩萨都是不能如实地信奉理解的。」
「阿难啊!能够转生到这个世界上，要具备这一人身的体貌、智识，实在是非常不容易的呀!而在佛法僧三宝之中，如要始终保持虔信、恭敬与尊重，也是难能可贵，极不容易的呀!至于要听闻那药师琉璃光如来的名号，虔诚地信仰，恭敬地奉持，则比前面所说的那些，更不容易做到了!」
「阿难!那药师琉璃光如来，在过去的菩萨因地中，因为修了无量多的菩萨行而获得极大的功德，有着无量多数说不清、不可计数的善巧方便法门用来拯救超拔一切受苦受难的众生。他许下了无比广大的慈悲誓愿要使众生脱离苦痛得享安乐。我若要广泛详细地叙说那药师琉璃光如来的功德行愿，那及使用上一劫，或者一劫以上的时间，也是讲不完的呀。若我要广泛地述说起来，那么，一个那劫的时间就会迅速毕竟悄然地流逝而去，可那药师琉璃光如来的行愿功德，善巧方便法门，却多得绵绵难以穷尽，无法用语言来概述完毕呀!」
